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===                                  Jmol                                  ===
==============================================================================
     Jmol: un visor Java de cdigo abierto para estructuras qumicas en 
        tres dimensiones, con prestaciones para compuestos qumicos, 
                    cristales, materiales y biomolculas.
==============================================================================

Jmol es un visor de molculas y un editor; es de cdigo abierto y est 
escrito en Java.

Toda la informacin est disponible en http://www.jmol.org/

Las preguntas o comentarios relativos a su uso deben enviarse a 
jmol-users@lists.sourceforge.net  (en ingls)

Las preguntas, comentarios y sugerencias relativos a su desarrollo deben
enviarse a jmol-developers@lists.sf.net  (en ingls)


Lista de archivos incluidos:
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1 == Archivos con informacin ==

1.1 === LEAME.txt ===
Este archivo.

1.2 === README.txt ===
La versin en ingls de LEAME.txt

1.3 === COPYRIGHT.txt ===
Informacin sobre los derechos de copia relativos a Jmol y a sus componentes de
terceros.

1.4 === LICENSE.txt ===
Los trminos de uso y distribucin de Jmol (licencia GNU LGPL).

1.5 === CHANGES.txt ===
Una lista histrica con las prestaciones aadidas en cada versin de Jmol.

1.6 === README-CHEMDOODLE.txt ===
Instrucciones sobre el uso de ChemDoodle junto con miniaplicaciones Jmol, 
y sobre la licencia de ChemDoodle (que es diferente de la de Jmol).


2 == Archivos por lotes ==
Estos archivos pueden usarse para iniciar la aplicacin Jmol desde una consola
de instrucciones ("lnea de comandos") y, en particular, para forzar una cierta 
combinacin de parmetros
(vase http://wiki.jmol.org/index.php/Jmol_Application#Command_line_options).

2.1 === jmol ===
(Un tipo de archivo por lotes para iniciar la aplicacin Jmol.)

2.2 === jmol.bat ===
Archivo por lotes para iniciar la aplicacin Jmol en Windows.

2.3 === jmol.mac ===
(Un tipo de archivo por lotes para iniciar la aplicacin Jmol.)

2.4 === jmol.sh ===
Un archivo de instrucciones para iniciar la aplicacin Jmol en sistemas de tipo 
Unix, por ejemplo Linux, BSD, Solaris o Cygwin para Windows.


3 == Archivos de la aplicacin Jmol ==
sta se usa como un programa autnomo.

3.1 === Jmol.jar ===
El archivo ejecutable de la aplicacin Jmol (un programa escrito en Java). 
Funciona como cualquier otro programa: se abre en su propia ventana, se puede 
redimensionar o minimizar, se puede arrastrar y soltar archivos sobre l, tiene 
una barra superior de men, puede abrir y grabar archivos, etc. Puede ejecutarse
desde la lnea de comandos (particularmente, usando los archivos por lotes que 
se describen ms arriba) pero, si Java est correctamente configurado en tu 
sistema, normalmente basta con hacer doble clic en este archivo.
(Para obtener ms informacin, consulte 
http://wiki.jmol.org/index.php/Jmol_Application#Starting_Jmol_Application ).

3.2 === JmolData.jar ===
Esta es una versin reducida de Jmol.jar que carece de las capacidades de
visualizacin. De algn modo, contradice as el concepto (clsico) de lo que es
jmol, pero con JmolData y algunas instrucciones bien diseadas es posible 
obtener casi cualquier informacin de un modelo y exponerla del modo que se 
quiera.

Funciona slo desde la "lnea de comandos" y est diseada para extraer datos de
un modelo o grupo de ellos. Slo pueden usarse instrucciones que no tengan 
relacin con la visualizacin: hay enlaces pero no "varillas", tomos pero no
"esferas de puntos", hlices pero no "esquemticos".


4 == Archivos de la miniaplicacin Jmol ==
stos se usan como parte de pginas web, e incluyen:
 Archivos de miniaplicacin | Bibliotecas Javascript principales 
  | Bibliotecas Javascript opcionales

4.1 === Archivos de miniaplicacin ===

4.1.1 ==== JmolApplet0.jar  y  JmolApplet0(diversosSufijos).jar ====
sta es la miniaplicacin, es decir, una versin del programa que slo funciona
cuando se incluye dentro de una pgina web.

La miniaplicacin se divide en varios trozos de acuerdo con su funcionalidad, de
modo que si una pgina no precisa determinado componente, ste no se descargar 
desde el servidor. Aun as, se recomienda que pongas todos los archivos 
JmolApplet0*.jar en el servidor, incluso si tus pginas no usan sus 
prestaciones, pues tanto el men emergente como la consola permiten a los 
usuarios acceder a funciones de Jmol que t no hayas previsto.

Esta versin subdividida es la que se usa de forma predeterminada si utilizas 
Jmol.js (que es el mtodo recomendado). Para ello, basta usar la forma ms 
simple de jmolInitialize(), indicando slo la carpeta que contiene el conjunto
de archivos jar:
 jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar")
por ejemplo,
 jmolInitialize(".")  
      (si los archivos jar estn en la misma carpeta que la pgina web)
 jmolInitialize("../jmol") 
      (si los archivos jar estn en una carpeta paralela, llamada 'jmol')

4.1.2 ==== JmolAppletSigned0.jar  y  JmolAppletSigned0(diversosSufijos).jar ====
Una versin equivalente de la miniaplicacin, pero en este caso "firmada" (un
trmino de seguridad en Java). Esto significa que el visitante de la pgina web
debe autorizarla para que se ejecute, pero al hacerlo conseguir un acceso a
archivos con menos restricciones. Por ejemplo, podr acceder a archivos en 
cualquier parte de su ordenador y en cualquier servidor web.

Habitualmente, los usuarios recibirn un aviso pidindoles que acepten el 
"certificado" o que "confen" en la miniaplicacin (vea las observaciones a 
continuacin). Debes tener esto en cuenta si decides usar JmolAppletSigned.jar.
Aparte de leer archivos, Jmol no usa actualmente otras posibilidades de las
miniaplicaciones firmadas, tales como acceso al portapapeles del sistema o
escritura de archivos. Utiliza esta versin slo si sabes lo que ests haciendo
y has considerado las cuestiones de seguridad.

Para llamar a esta versin desde Jmol.js, utiliza la forma:
 jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", true)
o bien
 jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolAppletSigned0.jar")

Observaciones:
* La poltica de seguridad que solicita que se confe en la miniaplicacin
  podra no estar siempre activa en los sistemas de los usuarios.
* El mensaje solicitando permiso se mostrar para cada uno de los 14 o ms
  archivos jar que se pueden cargar.
* El usuario puede tener la posibilidad de confiar en la miniaplicacin de
  forma permanente y as evitar dar permiso cada vez que visite una pgina que
  utiliza Jmol.

4.1.3 ==== JmolApplet.jar ====
Se trata en este caso de la miniaplicacin en forma de un archivo "todo en uno" 
o "monoltico", que se mantiene principalmente por compatibilidad con pginas
antiguas que lo invoquen explcitamente. 
Este archivo nico es equivalente al conjunto de todos los archivos 
JmolApplet0*.jar, explicados ms arriba.
El mtodo recomendado es el uso de la versin subdividida (JmolApplet0.jar etc.).
En particular, Jmol.js utiliza de forma predeterminada la versin subdividida.

Te puede interesar utilizar este archivo si quieres mantener sencillo tu sitio 
web, o si slo quieres actualizar un archivo jar cuando lleguen versiones nuevas
de Jmol. Sin embargo, este Jmol se cargar algo ms lentamente que las versiones
subdivididas (descritas arriba), puesto que es preciso que se descarguen al 
equipo del usuario todos los mdulos (2,4 MB en total), sean o no necesarios,
antes de que se pueda mostrar una estructura.

Para llamar a JmolApplet.jar desde Jmol.js:

a) ponlo en la misma carpeta que contiene la pgina HTML que lo
   requiere y no uses jmolInitialize()
   
o bien

b) identifcalo explcitamente en jmolInitialize(), por ejemplo:
   jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolApplet.jar")

4.1.4 ==== JmolAppletSigned.jar ====
Una versin equivalente de la miniaplicacin monoltica, pero en este caso es 
una miniaplicacin "firmada" (terminologa de seguridad en el lenguaje Java). 
Esto significa que para ejecutarse debe previamente ser autorizada por el 
usuario visitante de la pgina web y, de ser as, habr menos restricciones de 
seguridad para el acceso a archivos. Por ejemplo, podr acceder a archivos en 
cualquier parte del ordenador del usuario y en cualquier otro servidor web.

Habitualmente, los usuarios recibirn un aviso preguntndoles si quieren 
"aceptar el certificado" o si "confan" en la miniaplicacin; sin embargo, esta 
prestacin de seguridad no siempre est activada. Si decides usar 
JmolAppletSigned.jar, debes tener esto en cuenta. Aparte de la lectura de 
archivos, Jmol no utiliza ninguna otra capacidad propia de las miniaplicaciones 
firmadas, como acceder al portapapeles del sistema o grabar archivos. Utiliza la
miniaplicacin firmada slo si sabes lo que ests haciendo y has tenido en 
cuenta las cuestiones de seguridad.

Para llamar a JmolAppletSigned.jar desde Jmol.js:
 jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolAppletSigned.jar")

4.1.5 ==== Notas ====
Teniendo en cuenta las descripciones anteriores, observars que el paquete
de distribucin de Jmol contiene 4 copias completas de la miniaplicacin
(firmada o no, subdividida o no).


4.2 === Bibliotecas Javascript principales ===

4.2.1 === Jmol.js ===
sta es la biblioteca de funciones clsica, escrita en el lenguaje JavaScript, que ayuda 
en la preparacin de pginas web que usen la miniaplicacin Jmol sin necesidad 
de conocer y escribir cdigo detallado especfico para la miniaplicacin.

Esta biblioteca usa por defecto la versin subdividida de la miniaplicacin 
(firmada o no).

Est documentada en detalle en http://jmol.org/jslibrary/ 

Jmol.js ir siendo sustituida, a partir de Jmol v13, por el nuevo conjunto de
archivos .js del mtodo orientado a objetos (descritos a continuacin).

4.2.2 ==== JmolApplet.js ====
Crea el objeto para una miniaplicacin Jmol.
 
4.2.3 ==== JmolCore.js ====
Contiene las funciones necesarias para las miniaplicaciones Jmol pero
que no debe usar el autor de pginas web (funciones privadas).

4.2.4 ==== JmolControls.js ====
Apoyo para controles de la interfaz de usuario, como botones, enlaces, casillas
de verificacin, etc. 

4.2.5 ==== JmolApi.js ====
Contiene la 'interfaz de programacin de la aplicacin', es decir, las 
funciones que puede usar el autor de la pgina web para interaccionar con las 
miniaplicaciones Jmol.


4.3 === Bibliotecas Javascript opcionales ===

4.3.1 ==== JmolCD.js ====
La extensin ChemDoodle: proporciona los medios para usar ChemDoodle Web Components 
(que emplea JavaScript + HTML5 canvas o WebGL) en lugar de las miniaplicaciones
Jmol, para sistemas en los que Java no est disponible.

4.3.2 ==== JmolGLmol.js ====
La extensin GLmol: proporciona los medios para usar GLmol (que emplea WebGL +
JavaScript) en lugar de las miniaplicaciones Jmol, para sistemas en los que 
Java no est disponible

4.3.3 ==== JmolJME.js ====
Proporciona los medios para aadir una miniaplicacin JME a la pgina web
(dibujo de frmulas en 2D) y para su comunicacin con miniaplicaciones Jmol.

4.3.4 ==== JmolJSV.js ====
Proporciona los medios para aadir una miniaplicacin JSpecView a la pgina web
(visor de datos de espectros) y para su comunicacin con miniaplicaciones Jmol.


5 == Aplicaciones y miniaplicaciones accesorias ==

5.1 === ChimeToJmol.jar ===
No documentada y experimental.
Una aplicacin para convertir pginas html que usan Chime en pginas con
miniaplicaciones Jmol. 

5.2 === JSpecViewApplet, JSpecViewAppletSigned ===
Las versiones firmada y no firmada de la miniaplicacin JSpecView, un visor
de datos de espectros que puede intercomunicarse con miniaplicaciones Jmol. 
(Vase ms arriba el archivo de soporte .js) 

5.3 === JmolSmilesApplet.jar ===
Este archivo no se incluye actualmente en el paquete de distribucin, pero
puede obtenerse del sitio de desarrollo.

Se trata de una miniaplicacin liviana, sin una interfaz visible, que permite
verificar cdigos SMILES. Esto es especialmente til para comparar 
estereoqumica, por ejemplo con estructuras dibujadas usando la miniaplicacin
JME.

La misma funcionalidad est incluida en la miniaplicacin normal JmolApplet.

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